De ecologie is zeer divers omdat het tien natuurgebieden omvat, van het lage, droge bergbos (aan de rand van de vallei) tot het niveau van de bergtoppen. In termen van hoogte betekent dit dat het klimt vanaf 1.725 m. op het niveau van de Urubamba-rivier, tot 6.271 m. op de besneeuwde top van Salkantay. Als gevolg hiervan zorgen deze geografische variaties voor een werkelijk breed scala aan flora en fauna. De soorten fauna en flora die in deze habitat zijn geregistreerd, vertegenwoordigen een groot deel van de soorten die in Peru voorkomen; hiervan wordt 10 tot 20% bedreigd.
De Inca Trail heeft meer dan 400 soorten orchideeën, begonia's, bomen en struiken zoals de Qeuña (Polylepis racemosa), de Pisonay (Eritrina falcata) of de Muña (Minthostachys glabrecens). (Als je naar het Inca-pad wandelt, ontvang je waarschijnlijk Muña-thee - het is erg lekker en het wordt aanbevolen om de symptomen van hoogteziekte te bestrijden!).
Sanctuary Machu Picchu herbergt ook een zeer grote verscheidenheid aan fauna, en we kunnen in deze bossen 400 geregistreerde vogelsoorten vinden, zoals de Cock-of-the-Rock (Rupícola peruviana) en a la pava de monte (Penelope montagnii) . In de rivieren kom je meer vogels tegen.
»Hier lees je meer over vogels in Machu Picchu.»
Onder andere, vinden we ook de beer met de bril (Tremactos ornatos), de poema (Puma concolor), het dwerghert, reptielen en insecten.