Machu Picchu se encuentra en el bosque nuboso peruano, una región con una gran riqueza ambiental que tiene un clima variado y la existencia de numerosas zonas.
La ecología es extremadamente diversa, ya que incluye diez zonas de vida silvestre, desde el bosque de montaña bajo y seco (al lado del valle) hasta el nivel de las cumbres de la cordillera. En términos de altitud, esto significa que sube desde 1.725 m. a nivel del río Urubamba, hasta 6.271 m. en la nevada cumbre de Salkantay. Como consecuencia, estas variaciones geográficas proporcionan una gran variedad de flora y fauna. Las especies de fauna y flora que se han registrado en este hábitat representan una alta proporción de esas especies presentes en Perú; entre 10 y 20% de estos están en peligro de extinción.
El Camino Inca cuenta con más de 400 especies de orquídeas, begonias, árboles y arbustos como Qeuña (Polylepis racemosa), Pisonay (Eritrina falcata) o Muña (Minthostachys glabrecens), entre otros. (Si camina por el camino inca, es probable que reciba té de Muña, ¡es muy sabroso y se recomienda para combatir los síntomas del mal de altura!).
El santuario de Machu Picchu también alberga una gran variedad de fauna, y podemos encontrar en estos bosques 400 especies registradas de aves, como el gallo de la roca (Rupícola peruviana) y la pava de monte (Penélope montagnii) . En los ríos puedes encontrar más pájaros.
»Aquí puedes leer más sobre las aves en Machu Picchu.»
Dentro de otros, también podemos encontrar al oso con los anteojos (Tremactos ornatos), el puma (Puma concolor), el ciervo enano, reptiles e insectos.